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La mycologie (du grec ancien µύκης ; « champignon ») est la science étudiant les champignons. Jadis incluse dans la botanique, qui étudie les plantes, elle englobe traditionnellement l'étude des myxomycètes, bien qu'il s'agisse d'organismes récemment exclus du règne des champignons car ils n'ont pas de paroi cellulaire et n'ont pas la même structure que les champignons. De même les Oomycètes, bien qu'à présent rattachés aux Straménopiles, sont toujours étudiés par les mycologues.

Mycetozoa ; planche d'Ernst Haeckel (1904), in Kunstformen der Natur (les formes artistiques de la nature).

Histoire |

Les anciens n'ont laissé aucun document vraiment scientifique concernant les champignons et deux auteurs seulement méritent d'être mentionnés : Pline l'Ancien pour son Historia naturalis et Dioscoride pour les usages thérapeutiques de quelques champignons dans De re medica. Ces textes, ne mentionnant qu'une vingtaine d'espèces n'ont toutefois qu'un intérêt archéologique, hormis d'avoir légué à la science des mots comme Amanita, Boletus, Manitaria, Myco ou Tuber.

L'étude des champignons remonte sans doute au XVI^e siècle avec :

• la classification publiée en (1526) par l'humaniste italien Hermolaus (1454-1493) ;


• les œuvres de botanistes qui, comme Matthiole (1569), s'appliquèrent à commenter Dioscoride ;


• 
  Junius^[1] qui, en 1564, décrit Phallus impudicus récolté en Hollande ;


• 
  Reiner Solenander (de)(de) (1524-1601) qui décrit Fistulina hepatica (langue de bœuf) en Allemagne ;


• l'académicien italien Fabi Columna^[2] (1599) qui décrit et illustre le Clathre grillagé Clathrus cancellatus ;


• l'Italien Porta^[3] est le premier à oser affirmer, en 1592, que les champignons se reproduisent par des semences.


• le savant flamand Charles de L'Écluse (1526-1609) fait peindre 86 aquarelles représentant 42 espèces de champignons comestibles répartis en 22 genres, 58 espèces de champignons vénéneux en 25 genres et 5 espèces nouvelles. Au total 105 espèces dont 6 amanites, 9 russules, 7 lactaires, 12 tricholomes et 14 bolets.

Elias Magnus Fries

Telle est la base de la mycologie.

Antoine de Jussieu (1686-1758) crée une classe à part de plantes pour les champignons et les lichens en 1728.

L'étude scientifique des champignons débute avec le Suédois Linné (°1707 - +1778) et son ouvrage Species plantarum (1753), encore que les champignons n'y occupent pas une place vraiment séparée du reste des plantes. C'est le botaniste français Paulet (1740-1826) qui le premier a proposé (en 1795) le mot « mycologie » pour désigner la science étudiant les champignons (terme qui s'imposa devant fungologie).

Le premier ouvrage exclusivement consacré aux champignons a été publié en 1801 par le Sud-africain Persoon (1755-1837) (Synopsis methodica fungorum), mais on retiendra surtout le travail d'un autre Suédois, Fries (1794-1878), qui publia les trois volumes de son Systema Mycologicum entre 1821 et 1832 ; puis le travail de l'Italien Saccardo (1845-1920) qui publia un monumental ouvrage de classification à la fin du XIX^e siècle Sylloge fungorum omnium hucusque cognitorum. En 1843, le français Léveillé découvre l'existence des basides, qu'il distingue des asques et propose une coupure nouvelle séparant les Ascomycètes et les Basidiomycètes.
Le travail important des mycologues et des botanistes du XIX^e siècle aboutit au Code international de nomenclature botanique (CINB), créé à Vienne en 1905 et qui fait toujours jurisprudence. On remarquera que, même si les champignons constituent aujourd'hui un règne du vivant séparé de celui des plantes, on continue de leur appliquer la nomenclature botanique.

Les mycothèques des muséums contiennent des dizaines de milliers de spécimens (dont des espèces rares ou peut-être éteintes) à partir desquelles des scientifiques peuvent faire diverses études (biochimie, phylogénétique...). C'est ainsi qu'on a récemment pu affiner la structure de la branche des Agaricales dans l'arbre de la vie et préciser les relations phylogénétiques qui existent entre les espèces reconnues au sein de ce groupe^[4]

Taxinomie et systématique des champignons |

Régis Courtecuisse, président de la Société mycologique de France.

La systématique mycologique se trouve privée d'un grand nombre des moyens qui ont permis aux autres branches de l'histoire naturelle de faire des progrès rapides. En effet, les champignons étant de poussée capricieuse et éphémère, leur récolte reste soumise au hasard, nécessitant de nombreuses visites infructueuses. De plus, ils exigent l'observation in vivo car beaucoup de caractères essentiels disparaissent. Enfin, très peu d'espèces peuvent être cultivées pour observer leur croissance en culture pure, ou tenter des fécondations expérimentales instructives. Il faut donc en moyenne une quinzaine d'années pour pouvoir étudier vivantes la plupart des espèces d'un genre donné^{[réf. nécessaire]}.

Il est possible de récolter un amas de spores sous un carpophore, la sporée, pour en définir exactement la couleur, caractère très utile pour la détermination des grands groupes de champignons.

Voir les pages :

• Classification phylogénétique des champignons

Rangs taxinomiques des champignons |

La taxinomie des champignons est soumise à une hiérarchie similaire à celle des plantes, les divers suffixes utilisés permettant de visualiser les rangs taxinomiques de cette hiérarchie. Sachant que le sommet de la hiérarchie est le domaine (en l'occurrence, celui des Eucaryotes ou Eukaryota), suivi du règne (ici les Fungi ou champignons), le reste de la nomenclature se fait selon les terminaisons latines suivantes :

• -mycota : division (ou embranchement) ;
  
  • -mycotina : subdivision (sous-embranchement) ;
    
    • -mycetes : classe ;
      
      • -mycetidae : sous-classe ;
        
        • -ales : ordre ;
          
          • -ineae : sous-ordre ;
            
            • -aceae : famille ;
              
              • -oideae : sous-famille ;
                
                • -ieae : tribu ;
                  
                  • -inae : sous-tribu (les notions de tribu et sous-tribu sont rarement utilisées).
                  
                  
                
                
              
              
            
            
          
          
        
        
      
      
    
    
  
  

Suivent le genre (éventuellement divisé en sous-genres, sections, sous-sections, séries et sous-séries) et l'espèce (divisions possibles : sous-espèce, variété, sous-variété, forme, subforme, forme spéciale, race), le tout permettant de définir un individu.

Si l'ensemble des taxons est clairement défini, ce que l'on met dedans l'est beaucoup moins, d'autant que les études sur l'ADN entraînent de profonds bouleversements. À titre d'exemple, on précisera que, jusque dans les années 1990, on classait les champignons en quatre divisions : Gymnomycètes, Deutéromycètes, Mastigomycètes, Amastigomycètes. Aujourd'hui, il y a toujours quatre divisions, mais ce ne sont plus les mêmes : Chytridiomycètes, Zygomycètes, Ascomycètes, Basidiomycètes.

Notes et références |

Voir aussi |

Articles connexes |

• Champignon


• Mycota


• Synonyme (botanique)


• Mycotoxicologie


• Liste des articles sur des mycologues

Liens externes |

• Le guide des champignons d'Europe occidentale


• Le site de Société Mycologique de France


• Base de données mycologique


• identifier-les-champignons.com


• Les-champignons.fr

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